See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus

Liisa Arike

https://etis.ee/CV/Liisa_Arike/est
24.01.1983
+37255635885
liisa@tftak.eu

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
2013–2015   
Göteborgi Ülikool, Järeldoktor (1,00)
01.09.2011–31.12.2012   
AS Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus, Teadur (0,75)
01.09.2011–30.12.2012   
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, proteoomika tuumiklabori juhataja (0,25)
01.09.2010–31.08.2011   
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, proteoomika tuumiklabori juhataja (0,75)
01.09.2010–31.08.2011   
AS Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus, Teadur (0,25)
2005–2010   
AS Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus, Teadur (1,00)
 
 
Haridustee
2007–2012   
Doktorantuur, TTÜ, Keemia-ja Materjalitehnoloogia
2005–2007   
Magistratuur, TTÜ, Bio-ja Toiduainetehnoloogia
2001–2005   
Bakalaureus, TTÜ, Bio-ja Toiduainetehnoloogia
1998–2001   
Keskharidus, Tallinna Vanalinna Hariduskolleegiumi gümnaasium
 
 
Loometöö
2005 Poster “A dynamic single fermenter model of human upper gastrointestinal tract for study of probiotics”, European Conference on Probiotics and their Applications - EUPROBIO 2005, 6-8.10, Krakow, Poland.
2006 Poster ”Dynamic single fermenter model for study of survival and growth of probiotics in human upper gastrointestinal tract”, Gut Microbiology 2006: 5th Biennial Meeting, Research to Improve Health, Immune Response and Nutrition, 20-24.06 Aberde
2009 Poster "Study of proteome changes in controlled cultivation system”, 3rd European Summer School "Proteomic Basics", 02-08.08.2009, Brixen, Italy
2005 BSc thesis “The effect of pH and bile salts on the viability of non-starter lactobacilli”
2009 Poster " Quantitative study of Escherichia coli proteome by 15N-labeling at different growth rates", SPS Scientific Meeting: "Proteome Dynamics: Protein Quantification in Time and Space", Zurich, Switzerland.
2010 Poster "Characterization of Proteome Dynamics at Different Growth Rates in Continuous Cultures", Systems Biology of Microorganisms, 22-24.03, Paris, France
2008 Poster "Identifying proteins using in-source CID", Waters MS users meeting, 15.09 Helsinki, Finland
2007 Poster “Quantification of GSH and related thiols in S. cerevisiae using HPLC and UPLC/MS”, 1st Baltic MS/LC users meeting, 9-10.05 Jurmala, Latvia
2007 MSc thesis “The viability of probiotic bacteria in the simulator of humans gastrointestinal tract“
2008 Poster "Study of bacterial stress adaptation in a single bioreactor gastrointestinal tract simulator", 2nd European Summer School “Proteomic Basics”, 13-19.07, Brixen, Italy
2009 Poster "Identification and relative quantification of proteins in Escherichia coli proteome using up-front CID". Proteomic Forum 2009, 28.03-02.04 Berlin, Germany

Kvalifikatsioon

Teaduskraadid
Liisa Arike, doktorikraad, 2012, (juh) Kaarel Adamberg; Raivo Vilu, Quantitative proteomics of Escherichia coli: from relative to absolute scale (Kvantitatiivne Escherichia coli proteoomika: relatiivsetest numbritest absoluutsete kogusteni), Tallinna Tehnikaülikool, Keemia ja materjalitehnoloogia teaduskond, Toiduainete instituut.
Liisa Arike, magistrikraad (teaduskraad), 2007, (juh) Kaarel Adamberg, Probiootiliste bakterite ellujäävus seedetrakti mudelis, Tallinna Tehnikaülikool, Keemia ja materjalitehnoloogia teaduskond, Toiduainete instituut.
 
 
Teadustöö põhisuunad
ETIS KLASSIFIKAATOR: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud
 
 
Lisainfo
22-23.01.2007 Kursus " Peptiidide ja valkude kirjeldamine LC-MS-iga", Waters, Rootsi, Stockholm
24.09.2007-23.02.2008 Praktika mass-spektromeetria laboratooriumis, Universidade Nova de Lisboa ülikool, Portugal
13-19.07.2008 II EU suvekool proteoomika alustest "Valkude identifitseerimine mass-spektromeetriga", Brixen/Bressanone, Lõuna-Tirool, Itaalia
12-23.01.2009 Praktiline töö Proteoomika laboris, Lõuna-Taani Ülikool, Odense, Taani
15-22.04.2009 EMBO praktiline kursus "Mass-spektromeetria ja proteoomika", Lõuna-Taani Ülikool, Odense, Taani
02-08.08.2009 III EU suvekool proteoomika alustest "Valkude kvantifitseerimine ja post-translatoorsed modifikatsioonid", Brixen/Bressanone, Lõuna-Tirool, Itaalia
01-07.08.2010 IV EU suvekool proteoomika alustest "Suure läbilaske võimega andmeanalüüs ja statistika", Brixen/Bressanone, Lõuna-Tirool, Itaalia
16-20.02.2009 Praktiline kursus "Kvantitatiivne proteoomika", Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, Eesti

Lõppenud projektid

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2012
Arike, L.; Valgepea, K.; Peil, L.; Nahku, R.; Adamberg, K.; Vilu, R. (2012). Comparison and applications of label-free absolute proteome quantification methods on Escherichia coli. Journal of Proteomics, 75 (17), 5437−5448. DOI: 10.1016/j.jprot.2012.06.020.
1.1.
2011
Olspert, Allan; Arike, Liisa; Peil, Lauri; Truve, Erkki (2011). Sobemovirus RNA linked to VPg over a threonine residue. FEBS Letters, 585 (19), 2979−2985.10.1016/j.febslet.2011.08.009.
1.1.
2011
Lahtvee, P.-J.; Adamberg, K.; Arike, L.; Nahku, R.; Aller, K.; Vilu, R. (2011). Multi-omics approach to study the growth efficiency and amino acid metabolism in Lactococcus lactis at various specific growth rates. Microbial Cell Factories, 10, #12. DOI: 10.1186/1475-2859-10-12.
1.1.
2011
Nisamedtinov, I.; Kevvai, K.; Orumets, K.; Arike, L.; Sarand, I.; Korhola, M.; Paalme, T. (2011). Metabolic changes underlying the higher accumulation of glutathione in Saccharomyces cerevisiae mutants. Applied Microbiology and Biotechnology, 89 (4), 1029−1037. DOI: 10.1007/s00253-010-2946-z.
1.1.
2010
Valgepea, K.; Adamberg, K.; Nahku, R.; Lahtvee, P.-J.; Arike, L.; Vilu, R. (2010). Systems biology approach reveals that overflow metabolism of acetate in Escherichia coli is triggered by carbon catabolite repression of acetyl-CoA synthetase. BMC Systems Biology, 4, #166. DOI: 10.1186/1752-0509-4-166.
1.1.
2010
Arike, L.; Nahku, R.; Borissova, M.; Adamberg, K.; Vilu, R. (2010). Identification and relative quantification of proteins in Escherichia coli proteome by "up-front" collision-induced dissociation. European journal of mass spectrometry, 16 (2), 227−235. DOI: 10.1255/ejms.1068.
1.1.
2010
Sumeri, I.; Arike, L.; Stekolštšikova, J.; Uusna, R.; Adamberg, S. Adamberg, K.; Paalme, T. (2010). Effect of stress pretreatment on survival of probiotic bacteria in gastrointestinal tract simulator. Applied Microbiology and Biotechnology, 86 (6), 1925−1931. DOI: 10.1007/s00253-009-2429-2.
1.1.
2008
Sumeri, I.; Arike, L.; Adamberg, K.; Paalme, T. (2008). Single bioreactor gastrointestinal tract simulator for study of survival of probiotic bacteria. Applied Microbiology and Biotechnology, 80 (2), 317−324. DOI: 10.1007/s00253-008-1553-8.
1.07.2020

Liisa Arike

https://etis.ee/CV/Liisa_Arike/eng
24.01.1983
+37255635885
liisa@tftak.eu

Career

Institutions and positions
01.09.2010–31.08.2011   
University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Head of Labor (0,75)
01.09.2010–31.08.2011   
Center of Food and Fermentation Technologies, Researcher (0,25)
2005–2010   
Center of Food and Fermentation Technologies, Researcher (1,00)
 
 
Education
2005–2007   
MSc, Tallinn University of Technology , Food- and Biotechnology
2001–2005   
Bachelor, Tallinn University of Technology , Food - and Biotechnology
 
 
Creative work
2005 Poster “A dynamic single fermenter model of human upper gastrointestinal tract for study of probiotics”, European Conference on Probiotics and their Applications - EUPROBIO 2005, 6-8.10, Krakow, Poland.
2006 Poster ”Dynamic single fermenter model for study of survival and growth of probiotics in human upper gastrointestinal tract”,Gut Microbiology 2006: 5th Biennial Meeting, Research to Improve Health, Immune Response and Nutrition, 20-24.06 Aberdee
2009 Poster "Study of proteome changes in controlled cultivation system”, 3rd European Summer School "Proteomic Basics", 02-08.08.2009, Brixen, Italy
2005 BSc thesis “The effect of pH and bile salts on the viability of non-starter lactobacilli”
2009 Poster " Quantitative study of Escherichia coli proteome by 15N-labeling at different growth rates", SPS Scientific Meeting: "Proteome Dynamics: Protein Quantification in Time and Space", Zurich, Switzerland.
2010 Poster "Characterization of Proteome Dynamics at Different Growth Rates in Continuous Cultures", Systems Biology of Microorganisms, 22-24.03, Paris, France
2008 Poster "Identifying proteins using in-source CID", Waters MS users meeting, 15.09, Helsinki, Finland
2007 Poster “Quantification of GSH and related thiols in S. cerevisiae using HPLC and UPLC/MS”, 1st Baltic MS/LC users meeting, 9-10.05 Jurmala, Latvia
2007 MSc thesis “The viability of probiotic bacteria in the simulator of humans gastrointestinal tract“
2008 Poster "Study of bacterial stress adaptation in a single bioreactor gastrointestinal tract simulator", 2nd European Summer School “Proteomic Basics” ,13-19.07, Brixen, Italy
2009 Poster "Identification and relative quantification of proteins in Escherichia coli proteome using up-front CID". Proteomic Forum 2009, 28.03-02.04 Berlin, Germany

Qualifications

Academic degrees
Liisa Arike, Doctor's Degree, 2012, (sup) Kaarel Adamberg; Raivo Vilu, Quantitative proteomics of Escherichia coli: from relative to absolute scale, Tallinn University of Technology Faculty of Chemical and Materials Technology, Department of Food Processing.
Liisa Arike, Research Master's Degree, 2007, (sup) Kaarel Adamberg, Probiootiliste bakterite ellujäävus seedetrakti mudelis (The viability of probiotic bacteria in the simulator of humans gastrointestinal tract), Tallinn University of Technology Faculty of Chemical and Materials Technology, Department of Food Processing.
 
 
Fields of research
ETIS CLASSIFICATION: 1. Biosciences and Environment; 1.12. Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Economic and Technological Research relating to Bio- and Environmental Sciences
 
 
Additional information
22-23.01.2007 Course "Characterization of Peptides and Proteins by LC-MS", Waters, Sweden, Stockholm
24.09.2007-23.02.2008 Internship in mass-spectrometry laboratory, Universidade Nova de Lisboa, Portugal
13-19.07.2008 e 2nd EU summer school in preoteomic basics - „Protein identification - Mass Spectrometry“, Brixen/Bressanone, South Tyrol, Italy
12-23.01.2009 Experiments in Protein Research Group, Southern Denmark University, Odense, Denmark
15-22.04.2009 practical EMBO course in "Mass Spectrometry and Proteomics ", Southern Denmark University, Odense, Denmark
02-08.08.2009 3rd European summer school in proteomic basics - „Quantification and Post-translational Modifications of Proteins“, Brixen/Bressanone, South Tyrol, Italy
01-07.08.2010 4th European summer school in proteomic basics - „High-Throughput Data Analysis and Statistics“, Brixen/Bressanone, South Tyrol, Italy
16-20.02.2009 Practical Course "Quantitative Proteomics", University of Tartu, Institute of Technology, Estonia

Completed projects

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2012
Arike, L.; Valgepea, K.; Peil, L.; Nahku, R.; Adamberg, K.; Vilu, R. (2012). Comparison and applications of label-free absolute proteome quantification methods on Escherichia coli. Journal of Proteomics, 75 (17), 5437−5448. DOI: 10.1016/j.jprot.2012.06.020.
1.1.
2011
Olspert, Allan; Arike, Liisa; Peil, Lauri; Truve, Erkki (2011). Sobemovirus RNA linked to VPg over a threonine residue. FEBS Letters, 585 (19), 2979−2985.10.1016/j.febslet.2011.08.009.
1.1.
2011
Lahtvee, P.-J.; Adamberg, K.; Arike, L.; Nahku, R.; Aller, K.; Vilu, R. (2011). Multi-omics approach to study the growth efficiency and amino acid metabolism in Lactococcus lactis at various specific growth rates. Microbial Cell Factories, 10, #12. DOI: 10.1186/1475-2859-10-12.
1.1.
2011
Nisamedtinov, I.; Kevvai, K.; Orumets, K.; Arike, L.; Sarand, I.; Korhola, M.; Paalme, T. (2011). Metabolic changes underlying the higher accumulation of glutathione in Saccharomyces cerevisiae mutants. Applied Microbiology and Biotechnology, 89 (4), 1029−1037. DOI: 10.1007/s00253-010-2946-z.
1.1.
2010
Valgepea, K.; Adamberg, K.; Nahku, R.; Lahtvee, P.-J.; Arike, L.; Vilu, R. (2010). Systems biology approach reveals that overflow metabolism of acetate in Escherichia coli is triggered by carbon catabolite repression of acetyl-CoA synthetase. BMC Systems Biology, 4, #166. DOI: 10.1186/1752-0509-4-166.
1.1.
2010
Arike, L.; Nahku, R.; Borissova, M.; Adamberg, K.; Vilu, R. (2010). Identification and relative quantification of proteins in Escherichia coli proteome by "up-front" collision-induced dissociation. European journal of mass spectrometry, 16 (2), 227−235. DOI: 10.1255/ejms.1068.
1.1.
2010
Sumeri, I.; Arike, L.; Stekolštšikova, J.; Uusna, R.; Adamberg, S. Adamberg, K.; Paalme, T. (2010). Effect of stress pretreatment on survival of probiotic bacteria in gastrointestinal tract simulator. Applied Microbiology and Biotechnology, 86 (6), 1925−1931. DOI: 10.1007/s00253-009-2429-2.
1.1.
2008
Sumeri, I.; Arike, L.; Adamberg, K.; Paalme, T. (2008). Single bioreactor gastrointestinal tract simulator for study of survival of probiotic bacteria. Applied Microbiology and Biotechnology, 80 (2), 317−324. DOI: 10.1007/s00253-008-1553-8.
1.07.2020

Otsi projekti

  • {{item.Name}}
Asutus on projekti finantseerija   Asutus on projekti teostaja  
  • {{searchListItem.Name}}
Kõik   Tavaprojektid   Ülemprojektid   Alamprojektid  
Uus Frascati (2015)
Uus ja vana Frascati (otsing uue järgi väljastab ka seotud vanad)
Kõik
Käimasolevad
Lõppenud
Algus
Hajus
Täpne
Lihtotsing Tühjenda
  • Leitud 10 kirjet
ProgrammLiikNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusFinantseerijapoolne rahastamine
SFSF0180166s08Antibiootikumide toimemehhanismid ja antibiootikumiresistentsuse levik01.01.200831.12.2012Tanel TensonTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut558 335,96 EUR
ETFETF7323Keskkonnatingimuste mõju glutatiooni akumulatsioonile ja ainevahetusele Saccharomyces cerevisiae rakkudes01.01.200831.12.2011Ildar NisamedtinovTallinna Tehnikaülikool, Keemia ja materjalitehnoloogia teaduskond71 043,20 EUR
ETFETF9192Oomikameetodite arendamine bakterite kvantitatiivsete süsteemibioloogiliste uuringute jaoks01.01.201231.12.2015Raivo ViluTallinna Tehnikaülikool, Matemaatika-loodusteaduskond57 600,00 EUR
ETFETF6715Piimatööstuse juuretiste selektsiooni strateegiad01.01.200631.12.2009Kaarel AdambergTallinna Tehnikaülikool, Keemia ja materjalitehnoloogia teaduskond65 370,56 EUR
MUUAR11122Piimhappebakterite süsteemibioloogiline disain01.09.201131.08.2014Raivo ViluTallinna Tehnikaülikool; Tallinna Tehnikaülikool, Matemaatika-loodusteaduskond, Keemiainstituut, Biotehnoloogia õppetool389 037,69 EUR
MUUSLOTI12030TPiimhappebakterite süsteemibioloogiline disain01.09.201131.08.2014Liisa ArikeTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond28 500,00 EUR
MUUEU29994Support for Competence Center of Food and Fermentation Technologies01.01.200930.06.2015Raivo Vilu; Toomas Paalme; Urmas SannikAS Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus7 028 458,00 EUR
SFSF0140090s08Toidu süsteemibioloogia ja füüsika01.01.200831.12.2013Toomas PaalmeTallinna Tehnikaülikool, Keemia ja materjalitehnoloogia teaduskond705 093,40 EUR
MUUEU27607Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus01.11.200730.06.2008Raivo Vilu; Toomas Paalme; Urmas SannikAS Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus657 826,17 EUR
MUUEU28668Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus01.07.200830.06.2009Toomas Paalme; Raivo Vilu; Urmas SannikAS Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus903 909,35 EUR