Märt Roosaare

Sünniaeg

16.05.1987

Telefon

737 4054

E-post

Palun lisage siia ainult üks aadress. Sellele meiliaadressile saadetakse ETISe teated (nt rahastusotsused, andmete kinnitamisega seotud info).

mart.roosaare@ut.ee

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid

01.01.2016–31.03.2018

Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut, programmeerija (0,60)

16.10.2012–31.12.2015

Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, programmeerija (0,60)

Haridustee

2014–...

Doktorant TÜMRI bioinformaatika õppetoolis

2011–2014

Geenitehnoloogia õppekava, magistrikraad

2006–2011

Geenitehnoloogia õppekava, bakalaureusekraad

2003–2006

Tartu Hugo Treffneri Gümnaasium

Loometöö

MOOC-tüüpi veebikursuse "Geenid - müüdid ja tegelikkus" arendamine ja läbiviimine 2016-2017

Kvalifikatsioon

Teaduskraadid

Märt Roosaare, doktorikraad, 2018, (juh) Maido Remm, K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids (K-meeridel põhinevad meetodid bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.

Märt Roosaare, magistrikraad, 2014, (juh) Maido Remm, Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool.

Teadustöö põhisuunad

ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika

Lõppenud projektid

Programm	Number	Pealkiri	Projekti algus	Projekti lõpp	Vastutav täitja	Asutused	Finantseerijapoolne rahastamine
Institutsionaalne uurimistoetus (IUT)	IUT34-11	Kiiremad ja usaldusväärsemad meetodid genoomijärjestuste analüüsimiseks	01.01.2015	31.12.2020	Maido Remm	Tartu Ülikool	576 000 EUR
Eestikeelse terminoloogia programmid 2013–2017	SLTMR15064	Eesti-inglise-vene seletav sõnastik Rakubioogia kõrgkooliõpikule	01.03.2017	15.12.2017	Märt Roosaare	Tartu Ülikool	3 000 EUR
Eestikeelse terminoloogia programmid 2013–2017	SLTMR15064	Nutisõnastiku loomine "Üldmaateaduse" õpikule	26.04.2016	18.12.2016	Märt Roosaare	Tartu Ülikool	3 900 EUR
Eestikeelse terminoloogia programmid 2013–2017	SLOMR15064	Eesti-Inglise bioinformaatika nutisõnastik Android-nutitelefonidele	01.05.2015	20.12.2015	Märt Roosaare	Tartu Ülikool	2 800 EUR

Juhendatud väitekirjad

Pealkiri	Juhendatav	Kraad	Juhendaja	Kaitsmise staatus	Kaitsmise aasta	Asutused
Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil	Vaher, Mihkel	magistrikraad	Märt Roosaare	Kaitstud	2016	Tartu Ülikool

Mihkel Vaher, magistrikraad, 2016, (juh) Märt Roosaare, Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.

Publikatsioonid

Klass

Aasta

Publikatsioon

1.1.

2018

Roosaare, Märt; Puustusmaa, Mikk; Möls, Märt; Vaher, Mihkel; Remm, Maido (2018). PlasmidSeeker: identification of known plasmids from bacterial whole genome sequencing reads. PeerJ.10.7717/peerj.4588.

1.1.

2017

Roosaare, Märt; Vaher, Mihkel; Kaplinski, Lauris; Möls, Märt; Andreson, Reidar; Lepamets, Maarja; Kõressaar, Triinu; Naaber, Paul; Kõljalg, Siiri; Remm, Maido (2017). StrainSeeker: fast identification of bacterial strains from raw sequencing reads using user-provided guide trees. PeerJ, 5, ARTN e3353−e3353. DOI: 10.7717/peerj.3353.

1.1.

2015

Kõiv, V.; Roosaare, M.; Vedler, E; Kivistik., P A; Toppi, K.; Schryer, DW.; Remm, M.; Tenson, T; Mäe, A. (2015). Microbial population dynamics in response to Pectobacterium atrosepticum infection in potato tubers. Scientific Reports, 5 (11606), 1−18.10.1038/srep11606.

Viimati uuendatud

18.04.2019

Märt Roosaare

https://etis.ee/CV/Märt_Roosaare/eng

Date of birth

16.05.1987

Phone

737 4054

E-mail

Palun lisage siia ainult üks aadress. Sellele meiliaadressile saadetakse ETISe teated (nt rahastusotsused, andmete kinnitamisega seotud info).

mart.roosaare@ut.ee

Career

Institutions and positions

01.01.2016–31.03.2018

University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology, Programmer (0,60)

16.10.2012–31.12.2015

University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu, Programmer (0,60)

Education

2014–...

PhD student (bioinformatics)

2011–2014

MSc in genetics

2006–2011

BSc in genetics

2003–2006

Tartu Hugo Treffner Gymnasium

Creative work

Developing and conducting MOOC-type course "Genes - myths and reality", 2016-2017

Qualifications

Academic degrees

Märt Roosaare, Doctor's Degree, 2018, (sup) Maido Remm, K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology.

Märt Roosaare, Master's Degree, 2014, (sup) Maido Remm, Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors (Protein domain analysis in the cone snail Conus consors), University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu, Chair of Bioinformatics.

Fields of research

ETIS CLASSIFICATION: 3. Health; 3.11. Biochemistry, Genetics, Microbiology, Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics relating to Health Studies; CERCS CLASSIFICATION: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics

Completed projects

Source of funding	Number	Title	Project start	Project end	Principal investigator	R&D institutions	Funding by financier
Institutional Research Funding (IUT)	IUT34-11	Kiiremad ja usaldusväärsemad meetodid genoomijärjestuste analüüsimiseks	01.01.2015	31.12.2020	Maido Remm	University of Tartu	576 000 EUR
The programme of Estonian language terminology 2013 - 2017	SLTMR15064	Eesti-inglise-vene seletav sõnastik Rakubioogia kõrgkooliõpikule	01.03.2017	15.12.2017	Märt Roosaare	University of Tartu	3 000 EUR
The programme of Estonian language terminology 2013 - 2017	SLTMR15064	Nutisõnastiku loomine "Üldmaateaduse" õpikule	26.04.2016	18.12.2016	Märt Roosaare	University of Tartu	3 900 EUR
The programme of Estonian language terminology 2013 - 2017	SLOMR15064	Eesti-Inglise bioinformaatika nutisõnastik Android-nutitelefonidele	01.05.2015	20.12.2015	Märt Roosaare	University of Tartu	2 800 EUR

Supervised dissertations

Title	Person supervised	Degree	Supervisor	Defence status	Year of defence	R&D institutions
Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil	Vaher, Mihkel	Master's Degree	Märt Roosaare	Defended	2016	University of Tartu

Mihkel Vaher, Master's Degree, 2016, (sup) Märt Roosaare, Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil (Identifying bacterial strains from unassembled sequencing reads using fixed length oligomers), University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology.

GUID	Lühikirje	Projekti number	Alguskuupäev	Lõppkuupäev
Rahastusprogramm	Partner ID	Asutuse projekt	Finantseerijapoolne alamprojekti number	Teadusasutusepoolne projekti number	Projekti SFOS number	Pealkiri	Pealkiri inglise keeles	Pealkiri originaalkeeles	Akronüüm	Annotatsioon
Annotatsioon inglise keeles	Eelisarendatav valdkond	Projekti tüüp	Liik	Tegevuse liik ja protsent	Valdkond ja eriala	Vastutav täitja	Vastutav täitja (guid)	Seotud isikud	Seotud isikud (guid)	Asutus
Asutus (guid)	Asutus projekti alguskuupäeval	Asutus 2	Finantseerivad asutused	Täpsustus	Tööstusomand	URL	Failid	Kommentaar	Märksõnad	Avalik
Partnerid	Asutuse registrisse kande tegemise kuupäev	Vastutava täitja poolne allkirjastamise kuupäev	Asutuse esindaja	Finantseerija esindaja	Menetleja kontaktisik	Kirje looja nimi	Loomise aeg	Kirje viimase muutja nimi	Muutmise aeg	Rahastamisperioodid
Finantseerijapoolne rahastamine	Omafinantseering	Omafin muus vääringus	Kaasfinantseering	Kaasfin muus vääringus	Projekti katkestamine	Projekti kogumaht	Aastane rahastus on ETISe poolt arvutatud?	Rahastamine

Eesti Teadusinfosüsteem

Märt Roosaare

Teenistuskäik

Kvalifikatsioon

Lõppenud projektid

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Märt Roosaare

Career

Qualifications

Completed projects

Supervised dissertations

Publications

Otsi projekti

Programm	Number	Nimi	Projekti algus	Projekti lõpp	Vastutav täitja	Asutus	Finantseerijapoolne rahastamine

1.1.3.1.04.	SLOMR15064	Eesti-Inglise bioinformaatika nutisõnastik Android-nutitelefonidele	01.05.2015	20.12.2015	Märt Roosaare	Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut	2 800,00 EUR
1.1.3.1.04.	SLTMR15064	Eesti-inglise-vene seletav sõnastik Rakubioogia kõrgkooliõpikule	01.03.2017	15.12.2017	Märt Roosaare	Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut	3 000,00 EUR
IUT	IUT34-11	Kiiremad ja usaldusväärsemad meetodid genoomijärjestuste analüüsimiseks	01.01.2015	31.12.2020	Maido Remm	Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut	576 000,00 EUR
1.1.3.1.04.	SLTMR15064	Nutisõnastiku loomine "Üldmaateaduse" õpikule	26.04.2016	18.12.2016	Märt Roosaare	Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut	3 900,00 EUR

Eesti Teadusinfosüsteem

Märt Roosaare

Teenistuskäik

Kvalifikatsioon

Lõppenud projektid

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Märt Roosaare

Career

Qualifications

Completed projects

Supervised dissertations

Publications

Otsi projekti

{{title}}

{{title}}

Otsi programmi