TÜ Loodusmuuseumi botaanilised kogud sisaldavad materjale taimede (soontaimed, sammaltaimed ja erinevad vetikarühmad) taksonite kohta. Seisuga 31.10.2021 on botaanilistes kogudes arvel 322 697 eksemplari. Vanimad eksemplarid on dateeritud 18. sajandi lõpust. Botaaniliste kogude põhieesmärk on koguda ja säilitada nii Eesti taksonite tõendeksemplare, kui ka maailma taimede ja vetikate herbaareksemplare ning võimaldada säilitatava materjali kasutamine kõikidele huvirühmadele teaduslike uurimistööde läbiviimisel ning harrastusteaduse eesmärgil digitaalselt ja/või töötamisel kogudes kohapeal. Kogudes säilitatavad eksemplarid on vabalt kasutamiseks teadus- ja õppetöö eesmärgil Eesti ja välisteadlastele vastavalt rahvusvahelistele normidele geneetiliste resursside kogumise, kasutamise ja laenutamise kohta. Kogude kasutamine on reguleeritud eeskirjadega, mis on vastavuses kogudele kehtestatud rahvusvaheliste nõuetega. Lähtuvalt Nagoya protokolli reeglitest on kogudes hoiul ka molekulaarsete uuringute tõendeksemplarid (nii sammal- kui ka soontaimed), mille geenijärjestused on kättesaadavad andmebaasidest. 31.10.2021 seisuga on botaanilistes kogudes geenijärjestusega PlutoF töölaualt seostatud eksemplare 56.
Botaanilised kogud sisaldavad kolme alakogu: 1) soon- ja sõnajalgtaimede herbaarium, 2) sammaltaimede herbaarium, 3) algoloogiline kogu, mis sisaldab makrovetikate herbaariumit ja vetikajooniste kogu e. ikonoteeki. Soon- ja sõnajalgtaimede herbaarium jaguneb kaheks osaks: Eesti taimed (Planta Estonicae) ja üldherbaarium (Herbarium Generale). Soontaimede herbaariumi osad on ka karpoloogiline kogu, botaaniline kirjandus ja teadlaste välipäevikud, fotod ning ajaloolised botaanika välitöövahendid ning Teodor Lippmaa arhiiv. Herbarium Generale on Eestis suurim väljast poolt Eestit pärinevate herbaareksemplaride kogu. Ajalooliselt suurim osa on pärit praeguse Venemaa territoorimilt, kuid esinduslikud on ka Austraalia ja Lõuna-Ameerika taimede kollektsioonid. Botaanilised kogud on kujunenud peamiselt teadlaste kogutud materjalide põhjal ekspeditsioonidelt Eestis ja üle maailma. Kogudesse lisandub järjepidevalt eksemplare ka herbaariumite vahelise vahetustegevuse ja kinkimise tulemusel. Suuremad eksepditsioonid viimastel aastatel on toimunud Lõuna-Ameerikasse (2009, 2014) ja Aafrikasse (2007) ning Reunioni (2019).
2. Sammaltaimede herbaariumis on ligikaudu 26 000 säilikut leht-, kõder- ja helviksammaltaimede hõimkondadest. Herbaarium jaguneb kaheks osaks: 1) põhikogu, mis sisaldab Eestist ja erinevatest geograafilistest regioonidest pärit eksemplare enam kui 1500 taksoni kohta, ning 2) ajaloolised kollektsioonid, mis on kujunenud varem TÜ-s töötanud teadlaste (E. Russow, G.K. Girgensohn, L. Rabenhorst, C. Warnstorf, T. Lippmaa jt.) isikukogude põhjal ning sisaldavad hinnanguliselt 8000 säilikut.
Sammaltaimede herbaariumist on andmebaasi kantud 31.10.2021.a. seisuga 21 074 eksemplari etiketiandmed. Põhikoguga liidetakse järjepidevalt ka varasemaid ja vahetuse käigus lisanduvaid eksikaatkogusid. Suurimad eksikaatkogud on Põhja-Ameerika, Venemaa ja Kanaari saarte sammaltaimede kohta. Ajaloolistest eksikaatkogudest tähtsamad on Joh. Mikutowicz’i Bryotheca Baltica ning G.K. Girgensohni, L. Rabenhorsti ja C. Warnstorfi eksikaatkogud. Eksikaatkogudega toimub ka aktiivne vahetustegevus, eriti Venemaa teadlastega.
3. Algoloogiliste kollekstioonide suurima osa moodustab vetikate ikonoteek - see on taksonite jooniste ja kirjelduste kartoteek, mis on vetikate süstemaatika ja taksonoomia uurimise oluline osa. Ikonoteegi põhiosa moodustavad ikkesvetikate (Desmidales) liikide ja liigist alamate taksonite kirjeldused ja joonised. Ikonoteek sisaldab hinnaguliselt 14 000 liigilehte, millest suurema osa moodustab rootsi algoloogi K.Thomassoni annetusena saadud osa, mida hiljemon täeindanud E.Kukk. Makrovetikate herbaariumis on 993 mage- ja mereveevetika herbaareksemplari (seisuga 31.10.2021), lisaks umbes 1000 vetikate märgpreparaati. Vetikakogus on ka 151 eksemplariga mikrovetikate püsipreparaatide kogu, millest 133 on O.Nordstedti eksikaatkogu, mis sisaldab ka tüüpmaterjale mikrovetikate kohta.
The botanical collections (TU) includes herbaria of vascular plants and bryophytes and algological collections, altogether 322 697 specimens in October 31 2021. Altogether 56 sequences are added to the database, which voucher specimens are kept in TU. The collections are open for scientific studies and for citizen science. Plant diversity according to GBIF systematical approach based on our collections material is exhibited on permanent exhibition of the Natural History Museum since 2016.
Botanical collections includes three taxonomical parts:
1. Herbarium of vascular plants and ferns - includes more than 280 000 specimens, most representative are collection of Estonian plants (ca 96 000 specimens). We have also representative collections from previous Russia Empire, Europe, Australia and other regions (altogether ca 200 000 specimens).
2. Herbarium of bryophytes - ca 26 000 specimens. Bryological collections include three parts: 1) general collection, where species are arranged in alphabetical order of genera. Specimens collected from Estonia and elsewhere (21 074 specimens are databased for 31.10.2021); 2) historical collections collected by Girgensohn, Russow, Warnstorf etc. (ca 8000 specimens) and 3) exsiccatae collections (ca 3000 specimens), the most representative exsiccate collections are from Russia and is supplemented regularly.
3. Phycological collections consist of macro-algae collection (993 specimens in 31.10.2021) and wet collection of micro-algae (ca 1000 examples). In addition, ca 14 000 sheets of drawings of Desmidales and related algological literature of K. Thomasson are kept in phycological collection of TU. since 2018 we have 151 slides of micro-algae, among them 133 slides from O.Nordstedt's exsiccatae collection, including several authentic samples.
Botaaniliste kollekstioonide ajalugu Tartu Ülikoolis algab koos loodusmuuseumi rajamisega 1802. aastal. 2007. aastal moodustati taime-ja seenekogude baasil TÜ Loodusmuuseumi allüksusena botaanika- ja mükoloogiamuuseum. Alates 2020. aastast on botaanilised kogud struktuuriüksuse "TÜ loodusmuuseum ja botaanikaaed" alla kuuluva loodusmuuuseumi allüksus. Botaanilised kogud hõlmavad soon- ja sammaltaimede herbaariumid ning algoloogilised kollektsioonid. Botaanilistes kogudes säilitatakse lisaks teaduslikele herbaareksemplaridele ka kultuuriloolise väärtusega ajaloolisi herbaariume, Tartu Ülikoolis töötanud botaanikute (herbaar)materjale, välitööde andmeid ja botaanilisi teatmeteoseid, fotosid ning botaaniliste kogudega seotud töövahendeid.
Kollekstioonid on avatud kasutamiseks nii kohapeal kui ka laenutuse teel. Võimalik on laenutada ka digitaalset materjali, tüüpmaterjalid ja ajaloolised kollektsioonid on ainult kohapeal kasutamiseks.
Collections are available for scientific studies and it is possible to request for a loan. For historical and type specimens we lend out only as a digital forms.
Kogude kasutamise eeskiri on kättesaadav kohapeal kogudes töötades ja TÜ Loodusmuuseumi kodulehelt: https://www.natmuseum.ut.ee/sites/loodusmuuseum/files/pildid/UT_Loodusmuuseum_botaanika_ja_mukoloogiakogude_kasutamine_2016%20%282%29.pdf
General guidelines for working with collections can be download from the museum homepage and are available in storage rooms.
Loan conditions will be sent as a supplement with the loan.
https://www.natmuseum.ut.ee/en/content/botanical-collections
Erinevate proovide võtmine herbaarkogude eksemplaridest tuleb kooskõlastada botaaniliste kogude juhatajaga ning kasutatud materjali tuleb viidata kehtivate reegilte alusel. Lähtuvalt Nagoya protokollist tuleb DNA analüüside tulemused kanda rahvusvaheliselt aktsepteeritud andembaasidesse (n. GenBank) ning seostada eksemplaridega andmebaasis. Rahvusavaheliselt kehtivad laenureeglid lisatakse laenuaktile vastavalt eesti või inglise keeles.
Taking samples from the herbarium specimens have to be agreed with head curator and refer to the herbarium source appropriately. Data (incl. all sequences) should be databased appropriately according to the Nagoya protocol and info about published data should be sent to the herbarium.