See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
TÜ MRI looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon
TÜ MRI looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Riia 23, Tartu, 51010
TÜ MRI looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon
Collection of Environmental and Laboratory Microbial Strains
CELMS
  • {{item.DisplayName}}
Signe Viggor
Seotud teadusvaldkonnad (1)
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaator
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt
Seotud publikatsioonid (95)
Publikatsioon
1 2 3 4 >
Jutkina, J.; Vedler, E.; Heinaru, E.; Heinaru, A. (2011). Comparative molecular analysis of large catabolic plasmids in the Baltic Sea bacterioplankton. <i>BAGECO11, Corfu, Greece, 29.05-2.06.2011.</i>
Jõesaar, M.; Heinaru, E.; Viggor, S.; Vedler, E.; Heinaru, A. (2010). Diversity of the transcriptional regulation of the pch gene cluster in two indigenous p-cresol-degradative strains of Pseudomonas fluorescens. FEMS Microbiology Ecology, 72 (3), 464−475.
Jõesaar, M.; Heinaru, E.; Viggor, S.; Vedler, E.; Heinaru, A. (2010). Diversity of transcriptional regulation of pch gene cluster in two indigenous p-cresol-degradative strains of Pseudomonas fluorescens. <i>Workshop Pseudomonas. In the test tube and in the environment. Milan, January 28-29, 2010.</i> , 33−33.
Heinaru, E.; Vedler, E.; Jutkina, J; Aava, M.t; Heinaru, A. (2009). Conjugal transfer and mobilization capacity of the completely sequenced naphthalene plasmid pNAH20 from multiplasmid strain Pseudomonas fluorescens PC20. 70 (3), 563−574. DOI: 10.1111/j.1574-6941.2009.00763.x.
Vedler, E.; Jutkina, J.; Heinaru, E.; Liivak, M.; Heinaru, A. (2008). Characterization of two catabolic plasmids of Pseudomonas fluorescens PC20. <i>International Plasmid Biology Conference 2008; Gdansk, Poland; 30.08.-05.09.2008.</i> Gdansk, Poland, 146.
Truu, J.; Vedler, E. (2008). Microbial culture collections in Estonia. <i>Proceedings of the 27th Annual General Meeting of the European Culture Collections Organization: 27th Annual General Meeting of the European Culture Collections Organization, Ghent, Belgium, 10-11 June 2008.</i> Ghent,.
Truu, J.; Heinaru, E.; Vedler, E.; Juhanson, J.; Viirmäe, M.; Heinaru, A. (2007). Formation of microbial conmunities in oil shale chemical industry solid wastes during and bioaugmentation. In: Heipieper, H.J. (Ed.). Bioremediation of Soils Contaminated with Aromatic Compounds (57−66). . Springer. (NATO Science Series; 76).
Heinaru, A.; Truu, J.; Juhanson, J.; Vedler, E.; Heinaru, E. (2007). In situ and on site bioremediation of polluted areas: bioaugmentation with genetically characterised bacteria. <i>Proceedings of the Latvian Academy of Sciences. SectionB, Vol 61.</i> Latvia, 168. (No 5).
Heinaru, E.; Liivak, M.; Merimaa, M.; Vedler, E.; Heinaru, A. (2007). Multiplasmid system for degradation of naphthalene and phenol in P. fluorescens. <i>Microbial community networks: 9th Symposium on BAGECO 9, Bacterial Genetics and Ecology; Wernigerode, Germany; 23-27 June 2007.</i> , 70.
Vedler, E.; Truu, J. (2007). Use of alignment independent and alignment-dependent methods for comparison of bacterial isolates from soil samples. <i>Proceedings of the 26th Annual General Meeting of the European Culture Collections&#39; Organisation: ECCO XXVI &#39;Reconciling scientific and regulatory demands&#39;; Goslar, Saksamaa; 11-12.10.2007.</i> 61−61.
Vedler, E.; Truu, J. (2007). Use of alignment independent and alignment-dependent methods for comparison of bacterial isolates from soil samples. <i>The 11th International Conference on Culture Collections; Goslar, Germany; 7-11.10.2007.</i> 267.
Merimaa, M.; Heinaru, E.; Liivak, M.; Vedler, E.; Heinaru, A. (2006). Grouping of phenol hydroxylase and catechol 2,3-dioxygenase genes among phenol- and <em>p</em>-cresol-degrading <em>Pseudomonas </em>species and biotypes. Archives of Microbiology, 186 (4), 287−296. DOI: 10.1007/s00203-006-0143-3.
Vedler, E.; Vahter, M.; Blehner, S. (2006). Impact of phytoremediation on the community structure of the cultivable bacteria in oil shale chemical industry solid wastes. <i>Proceedings of the Annual General Meeting of the European Culture Collections&#39; Organization: Annual General Meeting of the European Culture Collections&#39; Organization, Budapest, Hungary, June 7-10, 2006.</i> 191−192.
Truu, J.; Juhanson, J.; Heinaru, E.; Vedler, E.; Merimaa, M.; Heinaru, A. (2005). Impact of phytoremediation and bioaugmentation on microbial community in oil shale chemical industry solid waste. <i>Proceedings of Kalmar EcoTech´ 05: Kalmar EcoTech´05; Kalmar, Sweden; 28-30 November, 2005.</i> Ed. Hogland, W.; Broby, T. Kalmar, Sweden, 433−439.
Vedler, Eve (2005). Structure of the 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-degradative plasmid pEST4011. (Doktoritöö, Tartu Ülikool). Tartu: Tartu University Press.
Vedler, E.; Vahter, M.; Heinaru, A. (2004). The completely sequenced plasmid pEST4011 contains a novel IncP1 backbone and a catabolic transposon harboring tfd genes for 2,4-dichlorophenoxyacetic acid degradation. Journal of Bacteriology, 186 (21), 7161−7174.
Truu, J.; Heinaru, E.; Vedler, E.; Viirmäe, M.; Juhanson, J.; Talpsep, E.; Heinaru, A. (2004). Remediation of oil shale chemical industry solid wastes using phytoremediation and bioaugmentation. <i>Proceedings of the European Symposium on Environmental Biotechnology, Oostende, Belgium, April 25 - 28, Balkema: European Symposium on Environmental Biotechnology, Oostende, Belgium, April 25 - 28, Balkema.</i> , 467−471.
Truu, J.; Talpsep, E.; Vedler, E.; Heinaru, E.; Heinaru, A. (2003). Enhanced biodegradation of oil shale chemical industry solid wastes by phytoremediation and bioaugmentation. Oil Shale, 20 (3), 421−428.
Truu, J.; Kärme, L.; Vedler, E.; Talpsep, E.; Heinaru, E.; Viirmäe, M.; Heinaru, A. (2003). Taimestiku ja looduslike mikroobide kooskasutamine saasteainete biodegradatsiooni võimendamiseks poolkoksis. <i>Kaasaegse ökoloogia probleemid.</i> Toim. T. Frey. Teadusühing IM SAARE, 334−337.
Heinaru, E.; Viggor, S.; Merimaa, M.; Vedler, E.; Heinaru, A. (2000). Biodegradation capabilities of different catabolic types of phenol and p-cresol-degrading bacteria in single and mixed cultures. <i>Conference of the Estonian Society for Microbiology; Tartu, Estonia; 12 May 2000.</i> Tartu: Tartu University Press, 32−32.
Juhanson, J; Truu, J; Heinaru, E; Heinaru, A. (2009). Survival and catabolic performance of introduced Pseudomonas strains during phytoremediation and bioaugmentation field experiment. FEMS Microbiology Ecology, 70 (3), 446−455. DOI: 10.1111/j.1574-6941.2009.00754.x.
Viggor, S.; Heinaru, E.; Künnapas, A.; Heinaru, A. (2008). Evaluation of different phenol hydroxylase-possessing phenol-degrading pseudomonads by kinetic parameters. Biodegradation, 19 (5), 759−769. DOI: 10.1007/s10532-008-9180-8.
Jutkina, Jekaterina; Heinaru, Eeva; Vedler, Eve; Juhanson, Jaanis; Heinaru, Ain (2011). Occurrence of Plasmids in the Aromatic Degrading Bacterioplankton of the Baltic Sea. 2, 853−868. DOI: 10.3390/genes2040853.
Xu, Xue-Wei; Huo, Ying-Yi; Wang, Chun-Sheng; Oren, Aharon; Cui, Heng-Lin; Vedler, Eve; Wu, Min (2011). Pelagibacterium halotolerans gen. nov., sp. nov. and Pelagibacterium luteolum sp. nov., novel members of the family Hyphomicrobiaceae. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 1817−1822. DOI: 10.1099/ijs.0.023325-0.
Jutkina J., Hansen L. H., Li L., Norman A., Heinaru E., Vedler E., Heinaru A. (2012). Complete nucleotide sequence of self-transmissible plasmid pD2RT provides new insight into diversity and distribution of TOL plasmids. <i>Isme14 - The Power Of The Small, Copenhagen, Denmark, 19 - 24.08. 2012.</i>
Jutkina, Jekaterina; Vedler, Eve; Heinaru, Eeva; Heinaru, Ain. (2013). Unravelling the mobilome of the oil-contaminated river water isolate, strain Pseudomonas fluorescens PC20, an effective phenol and naphthalene degrader. <i>FEMS Congress 2013, Leipzig, Germany, July 21-25.</i>
Viggor, Signe; Juhanson, Jaanis; Jõesaar, Merike; Mitt, Mario; Truu, Jaak; Vedler, Eve; Heinaru, Ain (2013). Dynamic changes in the structure of microbial communities in Baltic Sea coastal seawater microcosms modified by crude oil, shale oil or diesel fuel. 168 (7), 415−427. DOI: 10.1016/j.micres.2013.02.006.
Tiirik, Kertu; Nõlvak, Hiie; Oopkaup, Kristjan; Truu, Marika; Preem, Jens-Konrad; Heinaru, Ain; Truu, Jaak (2013). Characterization of the bacterioplankton community and its antibiotic resistance genes in the Baltic Sea. x. DOI: 10.1002/bab.1144 [ilmumas].
Jutkina, Jekaterina; Hansen, Lars; Li, Lili; Heinaru, Eeva; Vedler, Eve; Jõesaar, Merike; Heinaru, Ain (2013). Complete nucleotide sequence of the self-transmissible TOL plasmid pD2RT provides new insight into arrangement of toluene catabolic plasmids. Plasmid, 70 (3), 393−405.10.1016/j.plasmid.2013.09.003.
Vedler, Eve; Heinaru, Eeva; Jutkina, Jekaterina; Viggor, Signe; Kõressaar, Triinu; Remm, Maido; Heinaru, Ain (2013). Limnobacter spp. as newly detected phenol-degraders among Baltic Sea surface water bacteria characterized by comparative analysis of catabolic genes. Systematic and Applied Microbiology, 36 (8), 525−532.10.1016/j.syapm.2013.07.004.
Peebo, K.; Valgepea, K.; Nahku, R.; Riis, G.; Õun, M.; Adamberg, K.; Vilu, R. (2014). Coordinated activation of PTA-ACS and TCA cycles strongly reduces overflow metabolism of acetate in Escherichia coli. Applied Microbiology and Biotechnology, 98 (11), 5131−5143.10.1007/s00253-014-5613-y.
Kõiv, V.; Roosaare, M.; Vedler, E; Kivistik., P A; Toppi, K.; Schryer, DW.; Remm, M.; Tenson, T; Mäe, A. (2015). Microbial population dynamics in response to Pectobacterium atrosepticum infection in potato tubers. Scientific Reports, 5 (11606), 1−18.10.1038/srep11606.
Viggor, Signe; Jõesaar, Merike; Vedler, Eve; Kiiker, Riinu; Pärnpuu, Liis; Heinaru, Ain. (2015). Occurrence of diverse alkane hydroxylase alkB genes in indigenous oil-degrading bacteria of Baltic Sea surface water. Marine Pollution Bulletin, 101 (2), 507−516. DOI: 10.1016/j.marpolbul.2015.10.064.
Jõesaar, Merike; Heinaru, Eeva; Vedler, Eve; Mehike, Maris; Heinaru, Ain. (2014). <font color="#414141" face="Arial, sans-serif" size="2"><span style="line-height: 15.333333015441895px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><i>Pseudomonas pseudoalcaligenes</i> C70 harbours chromosomally located redundant genes for degradation of phenol and naphthalene.</span></font>. <i>Book of Abstracts: 2nd Congress of Baltic Microbiologists, Tartu, 16.10-19.10.2014.</i> Tartu,.
Kook, Ene; Vedler, Eve; Püssa, Kersti; Kalamees, Rein; Reier, Ülle; Pihu, Silvia (2015). Intra-individual ITS polymorphism and hybridization in Pulmonaria obscura Dumort. and Pulmonaria angustifolia L. (Boraginaceae). Plant Systematics and Evolution, 301 (3), 893−910. DOI: 10.1007/s00606-014-1123-8.
Martínez-García, Esteban; Jatsenko, Tatjana; Kivisaar, Maia; de Lorenzo, Victor (2015). Freeing Pseudomonas putida KT2440 of its proviral load strengthens endurance to environmental stresses. Environmental Microbiology, 17 (1), 76−90.10.1111/1462-2920.12492.
Sidorenko, Julia; Ukkivi, Kärt; Kivisaar, Maia (2015). NER enzymes maintain genome integrity and suppress homologous recombination in the absence of exogenously induced DNA damage in Pseudomonas putida. DNA Repair, 25, 15−26.10.1016/j.dnarep.2014.11.001.
Menert, A.; Kivisaar, M.; Sipp Kulli, S. (2015). Mikroorganismid võivad anda rakenduse seni kasutuseta maavarale. Eesti põlevloodusvarad ja -jäätmed = Estonian combustible natural resources and wastes, 32−34.
Andresen, L.; Frolova, J .; Põllumaa, L.; Mäe, A. (2015). Dual role of RsmA in the coordinated regulation of expression of virulence genes in Pectobacterium wasabiae strain SCC3193. 1−15. DOI: 10.1099/mic.0.000159 [ilmumas].
Bondarenko, Olesja M; Ivask, Angela; Kahru, Anne; Vija, Heiki; Titma, Tiina; Visnapuu, Meeri; Joost, Urmas; Pudova, Ksenia; Adamberg, Signe; Visnapuu, Triinu; Alamäe, Tiina. (2015). Bacterial polysaccharide levan as stabilizing, non-toxic and functional coating material for microelement-nanoparticles. 136, 710−720. DOI: 10.1016/j.carbpol.2015.09.093.
Visnapuu, Triinu; Mardo, Karin; Alamäe, Tiina (2015). Levansucrases of a Pseudomonas syringae pathovar as catalysts for the synthesis of potentially prebiotic oligo- and polysaccharides. New Biotechnology, 32 (6), 597−605.10.1016/j.nbt.2015.01.009.
Jõgi, E; Metsla, K; Visnapuu, T; Aasamets, A; Vija, H; Alamäe, T. (2015). Synthesis and purification of functional fructans. <i>Proceedings of the 11th International Conference on Polysaccharides-Glycoscience.: 11th International Conference on Polysaccharides-Glycoscience, 7-9 October, Prague, Czeck Republic.</i> Ed. Rapkova, R; Copikova, J; Šarka, E. Czech Chemical Society, 5−9.
Viigand, Katrin; Visnapuu, Triinu; Mardo, Karin; Alamäe, Tiina (2015). Evolution of yeast maltases: the Hansenula polymorpha maltase HpMAL1 is a &quot;living&quot; representative of in silico predicted ancestral maltase proteins. <i>VI Baltic Genetics Congress, 30.09-03.10.2015, Tartu, Estonia.</i>
Viigand, Katrin; Visnapuu, Triinu; Alamäe, Tiina. (2015). Genomic MAL locus of a methylotrophic yeast Hansenula polymorpha: disclosing the role of MAL-activator genes. <i>32nd International Specialized Symposium on Yeasts, 13-17 September 2015, Perugia, Italy.</i>
Visnapuu, T; Aasamets, A; Jõgi, E; Metsla, K; Vija, H; Adamberg, S; Alamäe, T. (2015). Levansucrase Lsc3 as a feasible catalyst for the synthesis of novel prebiotics. <i>The 4th Beneficial Microbes Conference 16-18 March 2015, the Netherlands.</i>
Jõgi, Erik; Viigand, Katrin; Metsla, Kati; Visnapuu, Triinu; Vija, Heiki; Alamäe, Tiina (2015). Yeast-aided Purification of Levansucrase-produced Prebiotic Fructooligosaccharides. <i>32nd International Specialized Symposium on Yeasts, 13-17 September 2015, Perugia, Italy.</i>
Visnapuu, Triinu; Alamäe, Tiina (2015). Funktsionaalne toidulisand paneb head bakterid vohama.
Heinaru, Eeva; Naanuri, Eve; Grünbach, Maarja; Jõesaar, Merike; Heinaru, Ain (2016). Functional redundancy in phenol and toluene degradation in Pseudomonas stutzeri strains isolated from the Baltic Sea. Gene, 589, 90−98.10.1016/j.gene.2016.05.022.
Viigand, Katrin; Visnapuu, Triinu; Mardo, Karin; Aasamets Anneli; Alamäe, Tiina (2016). Maltase protein of Ogataea (Hansenula) polymorpha is a counterpart to resurrected ancestor protein ancMALS of yeast maltases and isomaltases. Yeast, 33 (8), 415−432.10.1002/yea.3157.
Tagel, Mari; Tavita, Kairi; Hõrak, Rita; Kivisaar, Maia; Ilves, Heili (2016). A novel papillation assay for the identification of genes affecting mutation rate in Pseudomonas putida and other pseudomonads. Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 790, 41−55.10.1016/j.mrfmmm.2016.06.002.
Kõiv, Viia; Arbo, Krõõt; Maiväli, Ülo; Kisand, Veljo; Roosaare, Mart; Remm, Maido; Tenson, Tanel (2019). Endophytic bacterial communities in peels and pulp of five root vegetables. PLoS ONE, 14 (1), ARTN e0210542. DOI: 10.1371/journal.pone.0210542.
Viggor, S.; Heinaru, E.; Loponen, J.; Merimaa, M.; Tenno, T.; Heinaru, A. (2002). Biodegradation of Dimethylphenols by Bacteria with Different Ring-Cleavage Pathways of Phenolic Compounds. Environmental Science and Pollution Research, 1, 19−26.
Heinaru, E.; Viggor, S.; Vedler, E.; Truu, J.; Merimaa, M.; Heinaru, A. (2001). Reversible accumulation of p-hydroxybenzoate and catechol determines the sequential decomposition of phenolic compounds in mixed substrate cultivations in pseudomonads. FEMS Microbiology Ecology, 37 (1), 79−89.
Viggor, Signe; Jõesaar, Merike; Soares-Castro, Pedro; Ilmjärv, Tanel; Santos, Pedro M; Kapley, Atya; Kivisaar, Maia (2020). Microbial Metabolic Potential of Phenol Degradation in Wastewater Treatment Plant of Crude Oil Refinery: Analysis of Metagenomes and Characterization of Isolates. Microorganisms, 8 (5). DOI: 10.3390/microorganisms8050652.
Soares-Castro, Pedro; Yadav, Trilok C.; Viggor, Signe; Kivisaar, Maia; Kapley, Atya; Santos, Pedro M. (2019). Seasonal bacterial community dynamics in a crude oil refinery wastewater treatment plant. Applied Microbiology and Biotechnology, 103 (21-22), 9131−9141. DOI: 10.1007/s00253-019-10130-8.
Yan, L.; Yu, D.; Hui, N.; Naanuri, E.; Viggor, S.; Gaforov, A.; Sokolov, S.; Heinaru, A.; Romantschuk, M. (2018). Distribution of archaeal communities along the coast of the Gulf of Finland and their response to oil contamination. Frontiers in Microbiology, 9, 1−19.10.3389/fmicb.2018.00015.
Jõesaar, Merike; Viggor, Signe; Heinaru, Eeva; Naanuri, Eve; Mehike, Maris; Leito, Ivo; Heinaru, Ain (2017). Strategy of Pseudomonas pseudoalcaligenes C70 for effective degradation of phenol and salicylate. PLoS ONE, 12 (3), 1−17. DOI: 10.1371/journal.pone.0173180.
Viggor, Signe; Juhanson, Jaanis; Jõesaar, Merike; Mitt, Mario; Truu, Jaak; Vedler, Eve; Heinaru, Ain (2013). Dynamic changes in the structure of microbial communities in Baltic Sea coastal seawater microcosms modified by crude oil, shale oil or diesel fuel. Microbiological Research, 168 (7), 415−427.10.1016/j.micres.2013.02.006.
Heinaru, E.; Merimaa, M.; Viggor, S.; Lehiste, M.; Leito, I.; Truu, J.; Heinaru, A. (2005). Biodegradation efficiency of functionally important populations selected for bioaugmentation in phenol- and oil-polluted area. FEMS Microbiology Ecology, 51 (3), 363−373.
Viggor, S. (2008). Impact of biochemical parameters of genetically different pseudomonads at the degradation of phenolic compounds. (Tartu Ülikool). Tartu: Tartu Ülikooli Kirjastus.
Koiv, Viia; Adamberg, Kaarel; Adamberg, Signe; Sumeri, Ingrid; Kasvandik, Sergo; Kisand, Veljo; Maivali, Ulo; Tenson, Tanel (2020). Microbiome of root vegetables-a source of gluten-degrading bacteria. Applied Microbiology and Biotechnology, 104 (20), 8871−8885. DOI: 10.1007/s00253-020-10852-0.
Jõesaar, Merike (2010). Diversity of key catabolic genes at degradation of phenol and <i>p</i>-cresol in pseudomonads. (Tartu Ülikool/Molekulaar -ja rakubioloogia Instituut). Tartu: Tartu University Press.
Ernits, Karin (2019). Levansucrase Lsc3 and endo-levanase BT1760: characterization and application for the synthesis of novel prebiotics. (Doktoritöö, University of Tartu). Tartu: University of Tartu Press.
Kivistik, Paula; Hõrak, Rita; Kivisaar, Maia (2010). ColR-ColS signalling system and transposition of Tn4652 in the adaptation of Pseudomonas putida. (Doktoritöö, Tartu ülikool). Tartu: Tartu University Press.
Visnapuu, Triinu (2012). Levansucrases encoded in the genome of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000: heterologous expression, biochemical characterization, mutational analysis and spectrum of polymerization products. (Tartu Ülikool Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut). Tartu University Press.
Mardo, Karin; Visnapuu, Triinu; Vija, Heiki; Aasamets, Anneli; Viigand, Katrin; Alamäe, Tiina (2017). A Highly Active Endo-Levanase BT1760 of a Dominant Mammalian Gut Commensal Bacteroides thetaiotaomicron Cleaves Not Only Various Bacterial Levans, but Also Levan of Timothy Grass. PLoS ONE, 12 (1), e0169989−e0169989. DOI: 10.1371/journal.pone.0169989.
Sidorenko, Julia; Jatsenko, Tatjana; Kivisaar, Maia (2017). Ongoing evolution of Pseudomonas aeruginosa PAO1 sublines complicates studies of DNA damage repair and tolerance. Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 797-799, 26−37.10.1016/j.mrfmmm.2017.03.005.
Jatsenko, Tatjana; Sidorenko, Julia; Saumaa, Signe; Kivisaar, Maia (2017). DNA polymerases ImuC and DinB are involved in DNA alkylation damage tolerance in Pseudomonas aeruginosa and Pseudomonas putida. PLoS ONE, 12 (1), e0170719. DOI: 10.1371/journal.pone.0170719.
Mikkel, Katren; Tagel, Mari; Ukkivi, Kärt; Ilves, Heili; Kivisaar, Maia (2020). Integration Host Factor IHF facilitates homologous recombination and mutagenic processes in Pseudomonas putida. Dna Repair, 85, 102745. DOI: 10.1016/j.dnarep.2019.102745.
Ukkivi, Kärt; Kivisaar, Maia (2018). Involvement of transcription-coupled factor Mfd and DNA helicase UvrD in mutational processes in Pseudomonas putida. DNA Repair, 72, 18−27.10.1016/j.dnarep.2018.09.011.
Teppo, Annika; Lahesaare, Andrio; Ainelo, Hanna; Samuel, Kadri; Kivisaar, Maia; Teras, Riho (2018). Colonization efficiency of Pseudomonas putida is influenced by Fis-controlled transcription of nuoA-N operon. PLoS ONE, 13 (8), e0201841−e0201841.10.1371/journal.pone.0201841.
Ainelo,Hanna; Lahesaare, Andrio; Teppo, Annika; Kivisaar, Maia and Teras, Riho (2018). Fis regulates P. putida biofilm formation by regulating the expression of lapA. In: . Biofilms 8 Conference: Aarhus, Denmark, 27-29 May 2018.
Menert, Anne; Kivisaar, Maia; Sipp Kulli, Sirli; Heinaru, Ain; Maidre, Tiit (2018). Method for decomposition of the metallorganic matter of graptolite-argelite by microbial consortium. In: .24.05.2018 EU Patent Office.
Menert, Anne; Kivisaar, Maia; Heinaru, Ain; Sipp Kulli, Sirli; Maidre, Tiit (2017). Method for decomposition of the metallorganic matter of graptolite-argillite by microbial consortium. PATENTSCOPE.
Menert, Anne; Kivisaar, Maia; Sipp Kulli, Sirli; Heinaru, Ain; Maidre, Tiit (2017). Meetod graptoliitargilliidi metallorgaanilise aine lõhustamiseks mikroobikoosluse abil. Eesti Patendileht, 23 (9), 7−7.
Ainelo, Hanna; Lahesaare, Andrio; Teppo, Annika; Kivisaar, Maia; Teras, Riho (2017). The promoter region of lapA and transcriptional regulation by Fis in Pseudomonas putida. PLoS ONE, e0185482.10.1371/journal.pone.0185482.
Ilmjärv, Tanel; Naanuri, Eve; Kivisaar, Maia (2017). Contribution of increased mutagenesis to the evolution of pollutants-degrading indigenous bacteria. PLoS ONE, e0182484.10.1371/journal.pone.0182484.
Lahesaare, Andrio; Ainelo, Hanna; Teppo, Annika; Kivisaar, Maia; Heipieper, Hermann; Teras, Riho (2016). LapF and Its Regulation by Fis Affect the Cell Surface Hydrophobicity of Pseudomonas putida. PLoS ONE, e0166078−. DOI: 10.1371/journal.pone.0166078.
Espenberg, Mikk; Truu, Marika; Mander, Ülo; Kasak, Kuno; Nõlvak, Hiie; Ligi, Teele; Oopkaup, Kristjan; Maddison, Martin; Truu, Jaak (2018). Differences in microbial community structure and nitrogen cycling in natural and drained tropical peatland soils. Scientific Reports, 8, ARTN 4742.10.1038/s41598-018-23032-y.
Viigand, Katrin; Posnograjeva, Kristina; Visnapuu, Triinu; Alamae, Tiina (2018). Genome Mining of Non-Conventional Yeasts: Search and Analysis of MAL Clusters and Proteins. Genes, 9 (7, 354), ARTN 354.10.3390/genes9070354.
Viigand, Katrin (2018). Utilization of α-glucosidic sugars by Ogataea (Hansenula) polymorpha. (Doktoritöö, University of Tartu). Tartu: University of Tartu Press.
Visnapuu, Triinu; Meldre, Aivar; Põšnograjeva, Kristina; Viigand, Katrin; Ernits, Karin; Alamäe, Tiina (2020). Characterization of a Maltase from an Early-Diverged Non-Conventional Yeast Blastobotrys adeninivorans. International Journal of Molecular Sciences, 21 (1), 297. DOI: 10.3390/ijms21010297.
Ernits, Karin; Eek, Priit; Lukk, Tiit; Visnapuu, Triinu; Alamäe, Tiina (2019). First crystal structure of an endo-levanase – the BT1760 from a human gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron. Scientific Reports, 9 (1), 8443.10.1038/s41598-019-44785-0.
Kulikova-Borovikova, Diana; Lisi, Silvia; Dauss, Edgars; Alamae, Tiina; Buzzini, Pietro; Hallsworth, John; Rapoport, Alexander. (2018). Activity of the α-glucoside transporter Agt1 in Saccharomyces cerevisiae cells during dehydration-rehydration events. Fungal Biology, 122 (6), 613−620.10.1016/j.funbio.2018.03.006.
Adamberg, Kaarel; Adamberg, Signe; Ernits, Karin; Larionova, Anneli; Voor, Tiia; Jaagura, Madis; Visnapuu, Triinu; Alamäe, Tiina (2018). Composition and metabolism of fecal microbiota from normal and overweight children are differentially affected by melibiose, raffinose and raffinose-derived fructans. Anaerobe, 52, 100−110.10.1016/j.anaerobe.2018.06.009.
Štšepetova, Jelena; Truu, Jaak; Runnel, Riina; Nõmmela, Rita; Saag, Mare; Olak, Jana; Nõlvak, Hiie; Preem, Jens-Konrad; Oopkaup, Kristjan; Krjutškov, Kaarel; Honkala, Eino; Honkala, Sisko; Mäkinen, Kauko; Mäkinen, Pirkko-Liisa; Vahlberg, Tero; Vermeiren, Joan; Bosscher, Douwina; de Cock, Peter; Mändar, Reet (2019). Impact of polyols on Oral microbiome of Estonian schoolchildren. BMC Oral Health, 19, ARTN 60.10.1186/s12903-019-0747-z.
Joe, Manoharan Melvin; Gomathi, Ram; Benson, Abitha; Shalini, Devaraj; Rengasamy, Parthasarathi; Henry, Allen John; Truu, Jaak; Truu, Marika; Sa, Tongmin (2019). Simultaneous Application of Biosurfactant and Bioaugmentation with Rhamnolipid-Producing Shewanella for Enhanced Bioremediation of Oil-Polluted Soil. Applied Sciences-basel, 9 (18), ARTN 3773. DOI: 10.3390/app9183773.
Samaddar, Sandipan; Truu, Jaak; Chatterjee, Poulami; Truu, Marika; Kim, Kiyoon; Kim, Sukjin; Seshadri, Sundaram; Sa, Tongmin (2019). Long-term silicate fertilization increases the abundance of Actinobacterial population in paddy soils. Biology and Fertility of Soils, 55 (2), 109−120.10.1007/s00374-018-01335-6.
Abdalla, Mohamed; Hastings, Astley; Cheng, Kun; Yue, Qian; Chadwick, Dave; Espenberg, Mikk; Truu, Jaak; Rees, Robert M.; Smith, Pete (2019). A critical review of the impacts of cover crops on nitrogen leaching, net greenhouse gas balance and crop productivity. Global Change Biology, 25 (8), 2530−2543. DOI: 10.1111/gcb.14644.
Parn, Jaan; Verhoeven, Jos T. A.; Butterbach-Bahl, Klaus; Dise, Nancy B.; Ullah, Sami; Aasa, Anto; Egorov, Sergey; Espenberg, Mikk; Jarveoja, Jarvi; Jauhiainen, Jyrki; Kasak, Kuno; Klemedtsson, Leif; Kull, Ain; Laggoun-Defarge, Fatima; Lapshina, Elena D.; Lohila, Annalea; Lohmus, Krista; Maddison, Martin; Mitsch, William J.; Mueller, Christoph ... Mander, Ulo (2018). Nitrogen-rich organic soils under warm well-drained conditions are global nitrous oxide emission hotspots (vol 9, 1135, 2018). Nature Communications, 9, ARTN 1748. DOI: 10.1038/s41467-018-04197-6.
Nõlvak, Hiie; Truu, Marika; Oopkaup, Kristjan; Kanger, Kärt; Krustok, Ivo; Nehrenheim, Emma; Truu, Jaak (2018). Reduction of antibiotic resistome and integron-integrase genes in laboratory-scale photobioreactors treating municipal wastewater. Water Research, 142, 363−372.10.1016/j.watres.2018.06.014.
Rosendahl, Sirli; Tamman, Hedvig; Brauer, Age; Remm, Maido; Hõrak, Rita (2020). Chromosomal toxin-antitoxin systems in Pseudomonas putida are rather selfish than beneficial. Scientific Reports, 10 (1), 9230. DOI: 10.1038/s41598-020-65504-0.
Talavera, A.; Tamman, H.; Ainelo, A.; Konijnenberg, A.; Hadži, S.; Sobott, F.; Garcia-Pino, A.; Hõrak, R.; Loris, R. (2019). A dual role in regulation and toxicity for the disordered N-terminus of the toxin GraT. Nature Communications, 10, ARTN 972.10.1038/s41467-019-08865-z.
Ainsaar, Kadi; Tamman, Hedvig; Kasvandik, Sergo; Tenson, Tanel; Hõrak, Rita (2019). The TonBm-PocAB System Is Required for Maintenance of Membrane Integrity and Polar Position of Flagella in Pseudomonas putida. Journal of Bacteriology, 201 (17). DOI: 10.1128/JB.00303-19.
Ainelo, Andres; Porosk, Rando; Kilk, Kalle; Rosendahl, Sirli; Remme, Jaanus; Horak, Rita (2019). Pseudomonas putida Responds to the Toxin GraT by Inducing Ribosome Biogenesis Factors and Repressing TCA Cycle Enzymes. Toxins, 11 (2), ARTN 103.10.3390/toxins11020103.
Projektid (19)
Projekt
SF0182562As03 "Mikroobipopulatsioonide biodegradatiivne potentsiaal (1.01.2003−31.12.2007)", Ain Heinaru, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
SF0180026s08 "Balti mere õliga reostatud vee mikroobikoosluste kataboolne potentsiaal ja selle ökosüsteemi bakterite biodegradatiivsete plasmiidide genoomi organisatsioon ja evolutsioon (1.01.2008−31.12.2013)", Ain Heinaru, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
ETF7827 "Mikroobse biodegradatsiooni genoomne ja metagenoomne uurimine: Balti mere vee näitel (1.01.2009−31.12.2012)", Ain Heinaru, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
ETF5682 "Õli ja fenooliga saastunud poolkoksialade bio- ja fütoremediatsiooni geneetiline mõju mikroobipopulatsioonide moodustumisele (1.01.2004−31.12.2007)", Ain Heinaru, Tartu Ülikool.
IUT20-19 "Bakterite keskkonnastressiga kohastumise molekulaarsed mehhanismid (1.01.2014−31.12.2019)", Maia Kivisaar, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
ETF9114 "Mutageensed protsessid pseudomonaadides (1.01.2012−31.12.2015)", Maia Kivisaar, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
ETF9072 "Pseudomonas syringae levaansukraasi struktuur ja funktsioon: alusuuringud ja biotehnoloogilised aspektid (1.01.2012−31.12.2015)", Tiina Alamäe, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
SLOMR12215T (3.2.0701.12-0041) "Uudsete levaansukraaskatalüsaatorite disain ja kasutamine funktsionaalsete toidulisandite tootmiseks (1.10.2012−31.08.2015)", Tiina Alamäe, Tartu Ülikool.
ETF9370 "Ammooniumi anaeroobse oksüdatsiooniprotsessi alternatiivsed teed ja kasutusvõimalused (1.01.2012−31.12.2015)", Anne Menert, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
SLOMR15132 "Õlireostuse mõju Läänemere pinnavee ja setete mikroobikooslustele vôrdlevalt kulmal ja soojal aastaajal (1.10.2015−30.09.2017)", Ain Heinaru, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
LLOMR15159 "Mikroorganismide säilitamise kaardistamine (15.10.2015−20.12.2015)", Ain Heinaru, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
PUT1050 "Uudsete prebiootikumide ensümaatiline süntees: ensüümide iseloomustamine ja produktide prebiootilise efektiivsuse hindamine (1.01.2016−31.12.2019)", Tiina Alamäe, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
SLOMR15169 "Reovete taaskasutus: mikroobsete protsesside optimiseerimine looduslikes tingimustes (1.10.2015−30.09.2018)", Maia Kivisaar, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
PRG707 "Bakterite evolutsioneerumise molekulaarsed mehhanismid stressitingimustes. (1.01.2020−31.12.2024)", Maia Kivisaar, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
PUT1351 "Toksiin-antitoksiin süsteemide kasu ja hind Pseudomonas putida kohasusele (1.01.2017−31.03.2021)", Rita Hõrak, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
MLTMR19066R "Fluoroühendeid biosünteesivate Pseudomonas putida bakteritüvede konstrueerimine lähtudes sünteetilise bioloogia võimalustest (1.01.2019−28.02.2023)", Maia Kivisaar, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
MLOMR12131, MLTMR12131 "Ajakirja "Applied and Environmental Microbiology" toimetamine (1.07.2012−30.06.2022)", Maia Kivisaar, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
PRG548 "Nafta biolagunemisega seotud mikrobioom Läänemeres (1.01.2019−31.12.2023)", Jaak Truu, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
LIFE17/ENV/ES/000216 "Elektroonilste seadmete ümbertöötlemisjääkide bioleostamine. (1.07.2018−31.12.2020)", Sirli Sipp Kulli, BiotaTec OÜ.
Loobu
CELMS on Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia instituudi juures asuv mittemeditsiinilise päritoluga looduslike ja laboratoorsete mikroobitüvede kollektsioon. CELMS on Eesti Mikrobioloogia Rahvuskollektsiooni alamkogu. CELMS on asutatud 1995. aastal. Alates 2008. aastast on kollektsioon registreeritud WFCC-MIRCEN (World Data Centre for Microorganisms) juures (registreerimise number 926). CELMS on ECCO (European Culture Collections’ Organisation) liige. Kollektsiooni finantseeritakse Haridus- ja Teadusministeeriumi poolt. Kogus esindatud mikroobid on kogutud peamiselt Eesti erinevate saastunud piirkondade vee- ja pinnaseproovidest. Viimastel aastatel on kogusse lisandunud ka erinevate Läänemere piirkondade mikrobioota proove. Kogu koostamisel on olnud põhirõhk biodegradatiivsete ja kasulikke ühendeid tootvate mikroobide kogumisel ja põhjalikul iseloomustamisel.
CELMS is a collection of non-medical environmental and laboratory microbial strains situated at the Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu. CELMS is a subcollection of Estonian National Collection of Microbes. CELMS was founded in 1995. Since year 2008 the collection is registered at WFCC-MIRCEN World Data Centre for Microorganisms (registry number 926). CELMS is a member of ECCO (European Culture Collections’ Organisation). The collection is financed by the Estonian Ministry of Education and Research. Majority of strains have been isolated from polluted areas with strong oil shale mining and chemical industry impact. Since year 2008 bacterial isolates from different regions of the Baltic Sea have been added to the collection. Main tasks of the collection are extension of collection with new strains and type cultures, characterization of strains and distribution of microorganisms for purpose of research and education. Our main research activities are related to use molecular methods for characterization of microbial strains and diversity of functional genes.
Säilikud (1)
TüüpHulkÜhikKirjeldusKirjeldus inglise keeles
säilituskultuurid2780bakteriliik/tüviCELMS sisaldab 2780 bakteritüve (2018.a. 2704), Avalikus kataloogis on 966 (2018.a. 871) põhjalikult iseloomustatud bakteritüve. Kõik bakteritüved säilitatakse ühtse kollektsioonina, kuid on kataloogitud kahes erinevas formaadis. Avalik tüvede kataloogis on eriomadustega tüved, mis on põhjalikult geneetiliselt ja mikrobioloogiliselt iseloomustatud, mille teadustööga saadud tulemused on publitseeritud ja info on kättesaadav EEMB kodulehel ning mis on rahvusvaheliselt avatud avalikuks kasutuseks (tüvede tellimine, tasuta saatmine vastavalt reeglistikule). CELMSi see osa on mikroobitüvede tellimiseks ja vabaks kasutuseks avatud mittekommertsiaalseks tegevuseks. Soov kollektsiooni mikroobitüvesid kasutada ärilistel eesmärkidel reguleeritakse läbi tüvede isoleerijate ja iseloomustajate autoriõiguste Tartu ülikooli reeglistiku alusel, lähtudes EV vastavaalastest seadusaktidest. Sisekasutusega bakteritüvede kataloog sisaldab mikroobitüvesid, mis on kollektsiooni osaks, kuid mille avalik kasutus omab eripiiranguid lähtuvalt autoriõigustest (Budapest Treaty, World Intellectual Property Organization (WIPO)) ning mis lülitatakse avalikku kataloogi pärast piirangutest vabanemist (patendinõuded, autoriõigused, publitseerimistingimused jms). Nende mikroobitüvede kohta on koostatud mikroobitüvede üldkataloog, mis säilitatakse TÜ serveris kasutajaõigusega kaitstud võrgukettal (\\albert.domenis.ut.ee). Vastavat bioloogilist materjali säilitatakse infobaasis (kataloogis) kodeeritult, kooskõlas seadusaktidega. 966 microbial strains have been characterized and added to the electronic web database. We will continue characterizing the rest of the strains and adding these to the web catalogue.
Digitaalselt kirjeldatud andmestik (1)
Andmebaasi nimetusSäilikute arvURLKirjeldusKirjeldus inglise keeles
Estonian Electronic Microbial dataBase/CELMS966http://eemb.ut.ee/celms/menu.php
Kogu on moodustunud pikaajalise teadustöö käigus. Kogus esindatud mikroobid on kogutud Eesti erinevate piirkondade vee- ja pinnaseproovidest.
Teaduskollektsiooni kasutajad (2)
Kasutaja tüüp%
üliõpilased
teadustöötajad
1. Bakalaureuse, magistri ja doktoritöödeks. 2. Õppetööks mikrobioloogia ja geneetika ja viroloogia praktikumides. 3. Muu õppealane tegevus: Teaduskool, bioloogiaolümpiaadi teaduslaager. 4. Teadustööks. 5. Tüvede väljastamine MTA alusel: eraisikutele, firmadele, akadeemilistele asutustele. 6. Kollektsiooni baasil on avaldatud publikatsioone ja esitatud patenditaotlusi. Rahvusvaheline koostöö: 1. Teaduskoostöö: Hispaania (V. de Lorenzo, J-M Mancheno), Portugal (P. Santos), Saksamaa (H.J. Heipieper, K. Smalla), Venemaa (A. Boronin), Soome (M. Romantchuk), Belgia (R. Loris, G. Opdenakker), India (A. Kaplan), Norra (T. Tønjum), Tsehhi Vabariik (J. Copikova), Läti (A. Rapoport), Rootsi jt. 2. Rahvusvaheline kongress: VI Baltic Genetics Congress, Sept. 30 – Oct. 3, 2015, Tartu, 3. Osavõtt rahvusvahelistest konverentsidest: Itaalia, BAGECO (M. Grünbach, T.Ilmjärv), Saksamaa, New Approaches and Concepts in Microbiology (H. Moor, A. Ainelo), Hispaania, Bacterial Networks 2015 (K. Ainsaar), BioMIcroWorld 2015 (M. Tagel), USA, Pseudomonas 2015 (M. Tagel). Üle-Eestilise bakteritüvede kollektsiooni loomine 1. Avaliku konkursiga saadud grant “Mikroorganismide säilitamise kaardistamine” (EV Maaelu ministeerium). Eesmärk ja ülesanne: Nagoya protokolli alusel geneetiliste ressursside kui rahvusliku rikkuse säilitamise ja FAO geneetilise ressursi komisjoni tegevuskavale, samuti mikroorganismide (ka bioloogiliste tõrjeagentide ja patogeenide) säilitajate (in situ ja ex situ) ning kasutajate kaardistamine Eestis. 2. Koordinatiivne eeltöö ühinemiseks Eesti e-Elurikkuase´ga (http://elurikkus.ut.ee/).
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis asuva teaduskollektsiooni korralduse ja kasutamise eeskiri 1. Üldsätted Keskkonna- ja laboratoorsete mikroobitüvede teaduskollektsioonis, akronüümiga CELMS (Collection of Environmental and Laboratory Microbial Strains), sisalduvad mikroobitüved on isoleeritud peamiselt Eesti erinevate saastunud piirkondade vee- ja pinnaseproovidest ning erinevate Läänemere piirkondade mikrobioota proovidest. Kogus esindatud mikroobid on kogutud põhirõhuga biodegradatiivsete ja kasulikke ühendeid tootvate mikroobide kogumisele. Kogusse on lisatud ka laboratoorselt selekteeritud ja/või konstrueeritud kindlate iseloomulike omadustega mikroobitüved. Kollektsioon CELMS on asutatud 1995. aastal. Alates 2008. aastast on kollektsioon registreeritud WFCC-MIRCEN (World Federation of Culture Collections, World Data Centre for Microorganisms) juures (registreerimise number 926). CELMS on ECCO (European Culture Collections' Organisation) liige. Kollektsiooni finantseeritakse Haridus- ja Teadusministeeriumi poolt. Kollektsioon asub Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Tartu 51010, Riia 23, Eesti). Kogu kasutamine toimub vastavalt eeskirjadele, mille leiate siit veebilehelt. Kollektsiooni kataloog on avalikult kättesaadav EEMB (Eesti Elektroonilise Mikroobide andmeBaasi) veebilehel http://eemb.ut.ee/ nii eesti kui inglise keeles. 2. Erisätted Keskkonna- ja laboratoorsete mikroobitüvede teaduskollektsioon CELMS on loodud eesmärgiga soodustada mikrobioloogilist teadustööd, eelkõige seoses võimalustega kasutada mikroobitüvesid mikrobioloogiatööstuses ning biotehnoloogilises ettevõtluses, ka keskkonnabiotehnoloogilised rakendused keskkonnareostuse alandamiseks, teisalt aga säilitada mikroobitüvesid rahvusliku rikkusena. Kuivõrd siin on tegemist geneetilise ressursiga tegeleva mikroobide rahvuskollektsiooniga, siis järgib teaduskollektsioon Nagoya protokollist tulenevaid nõudeid. Nagoya protokoll reguleerib juurdepääsu geneetilistele ressurssidele ja nende kasutamist. Kollektsioon on käsitletav kahes erinevas kataloogide formaadis: 1) Kindlate eriomadustega mikroobitüved, mis on põhjalikult geneetiliselt ja mikrobioloogiliselt iseloomustatud, mille teadustööga saadud tulemused on publitseeritud ja info millede kohta on kättesaadav EEMB kodulehel ning mis on rahvusvaheliselt avatud avalikuks kasutuseks (tüvede tellimine, tasuta saatmine vastavalt reeglistikule); 2) Mikroobitüved, mis on kollektsiooni osaks, kuid mille avalik kasutus omab eripiiranguid lähtuvalt eelkõige autoriõigustest (Budapest Treaty, World Intellectual Property Organization (WIPO)) ning mis lülitatakse avalikku kataloogi pärast piirangutest vabanemist (patendinõuded, autoriõigused, publitseerimistingimused jms). Esimesena nimetatud kollektsiooni säilitamise ning andmebaasi ja kataloogi nõuetekohase haldamise ja kasutamise eest vastutab kollektsiooni haldur. Teisena märgitud mikroobitüvede kohta on koostatud mikroobitüvede üldkataloog, mis säilitatakse TÜ serveris kasutajaõigusega kaitstud kettal (\\albert.domenis.ut.ee). Vastavad mikroobitüved on mikroobikollektsiooni CELMS osaks, kuid nende säilitamise eest vastutavad vastavate mikroobitüvedega töötavad uurijad kuni nende kandmiseni avalikku mikroobitüvede kataloogi. Vastavat bioloogilist materjali säilitatakse infobaasis (kataloogis) kodeeritult, kooskõlas seadusaktidega. Ülalesitatud süsteem on tingitud ka asjaolust, et mikrobioloogiliselt ja geneetiliselt iseloomustamata ja eriomaduste selgitamiseta pole ikroobitüvede väärtus määratletav ja nad on väärtusetud avalikuks kasutuseks. CELMS on mikroobitüvede tellimiseks ja vabaks kasutuseks avatud mittekommertsiaalseks tegevuseks. Soov kollektsiooni mikroobitüvesid kasutada ärilistel eesmärkidel reguleeritakse läbi mikroobitüvede isoleerijate ja iseloomustajate autoriõiguste Tartu Ülikoolis kinnitatud reeglistiku alusel, lähtudes EV vastavatest seadusaktidest. 3. Kollektsiooni komplekteerimine ja struktuur Kollektsiooni moodustavad teadustöö käigus kogutud, ostetud või annetatud mikroobitüved ja laboratoorselt selekteeritud/konstrueeritud mutantsed mikroobitüved ning digitaalsesse andmebaasi talletatud informatsioon. CELMS kollektsiooni uute säilikute lisandumisel avalikku kataloogi sõlmitakse mikroobitüve isoleerija/iseloomustaja ja kollektsiooni halduri vahel materjalide üleandjaga leping, milles on märgitud üleantava mikroobitüve spetsiifilised eriomadused (nt võime lagundada teatud kemikaali, ravimiresistentsus, plasmiidide olemasolu jms) ning üld- (isoleerimise koht, liigiline kuuluvus 16SrRNA geeni järjestused jms, liigilise kuuluvuse näitajad) ja eriinformatsioon (nukleotiidijärjestused ja nende deponeerimine andmebaasidesse), samuti andmed mikroobitüve avalike publikatsioonide kohta või hõivatus patentidega. Lepingud allkirjastatakse ja arhiveeritakse. Kollektsiooni haldamiseks on kasutusel tarkvara dbForge Studio for MySQL. Edasiselt nähakse ette kollektsiooni andmebaasi internetipõhine ühildamine Eesti e-Elurikkuse (http://elurikkus.ut.ee/ andmebaasiga Eesti teaduse teekaardi aktiivsusena. See on vajalik selleks, et kollektsiooni andmebaas säilitatakse digitaalselt mitme koopiana, mis asuvad erinevates arvutites ja serverites. CELMS kollektsioon koordineerib ja koondab andmed ka kõigi teiste Eestis säilitatavate ja kasutatavate bakteritüvede kohta, eelkõige lähtuvalt Ülemaailmse Põllumajandusorganisatsiooni (FAO) koordineeritavale Nagoya protokollist tulenevate geneetiliste ressursside kui rahvusliku rikkuse säilitamise nõuete täitmisest. Kuivõrd CELMS kollektsioon ei sisalda inim- ja loompatogeenseid mikroobitüvesid, siis pole eesmärgiks iga säilik varustada unikaalse ID-koodiga, mis koosneks kollektsiooni akronüümi ja numbri kombinatsiooni. Kollektsioon asub TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23-114, Tartu 51010). 4. Säilikute hoidmine ja säilivuse kontroll Säilikuid (mikroobitüvesid) hoitakse -80°C juures mitmes korduses, mis on paigutatud erinevatesse külmikutesse. Isoleeritud tüvesid säilitatakse spetsiaalsetes säilitusviaalides. Säilitustingimusi (külmikute temperatuuri ja külmikute jooksva hoolduse teostamist) jälgivad kollektsiooni eest vastutavad töötajad. Külmikud on varustatud külmikute häire edastusseadmega. Häire korral saadab seade vastava sõnumi eelnevalt kindlaks määratud isikute mobiiltelefonile. Hoidlaruumide häireolukordadest teavitamine ning tegutsemise kord häireolukordades on kooskõlastatud ülikooli turvateenistusega. Kollektsiooni säilitatakse suletud külmikutes. Juurdepääs kollektsioonile on ainult selleks volitatud isikul (halduril), tema puudumisel (puhkus, lähetus jms) määratakse asendaja. Kolmandatel iskutel on juurdepääs ja säilituskohustus kollektsiooni nn kinnisele osale, mikroobitüvedele, millede omadusi uuritakse ning mis pole veel üle antud CELMS kollektsiooni avalikku kataloogi.
Teaduslikul eesmärgil on kasutamine tasuta
CELMSi eeskujuks on võetud rahvusvaheliselt tuntud kollektsioonide tingimused: USA kollektsioon (ATCC Bacteriology Collection) kus on ca 18 000, Saksamaa DSMZ kollektsioon ca 20 000, Soome VTT kollektsiooni ca 6000 ja Läti kollektsioon 309 bakteritüve. Kollektsioonide tüved on tunnuste poolest hästi kirjeldatud ning neid saab tellida vormistatud lepete alusel (fikseeritud tasu eest). Meie puhul on tegemist geneetilise ressursiga mikroobide rahvuskollektsiooniga, kus tuleb järgida teaduskollektsiooni Nagoya protokollist tulenevaid nõudeid. mis reguleerib juurdepääsu geneetilistele ressurssidele ja nende kasutamist. CELMS kollektsiooni uute säilikute lisandumisel avalikku kataloogi sõlmitakse mikroobitüve isoleerija/iseloomustaja ja kollektsiooni halduri vahel materjalide üleandjaga leping (MTA), kus on üleantava mikroobitüve spetsiifilised eriomadused ning üldandmed (isoleerimise koht, liigilise kuuluvuse andmed, 16SrRNA geeni järjestused jms,) ja eriinformatsioon (nukleotiidijärjestused, deponeerimine, andmebaas), aga ka andmed tüve publikatseerimise kohta või hõivatus patentidega. Lepingud allkirjastatakse ja arhiveeritakse.
Loobu