See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Institutsionaalne uurimistoetus (IUT)" projekt IUT20-21
IUT20-21 "Makromolekulide biosüntees ja selle masinavärgi funktsiooni säilitamine (1.01.2014−31.12.2019)", Jaanus Remme, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
IUT20-21
Makromolekulide biosüntees ja selle masinavärgi funktsiooni säilitamine
Biosynthesis of Macromolecules and Maintenance of their Synthetic Activity
1.01.2014
31.12.2019
Teadus- ja arendusprojekt
Institutsionaalne uurimistoetus (IUT)
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudP330 Bioenergeetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2014−31.12.2014200 500,00 EUR
01.01.2015−31.12.2015200 500,00 EUR
01.01.2016−31.12.2016200 500,00 EUR
01.01.2017−31.12.2017200 500,00 EUR
01.01.2018−31.12.2018200 500,00 EUR
01.01.2019−31.12.2019200 500,00 EUR
1 203 000,00 EUR

Valkude aminohappeline järjestus määrab ära nende funktsioonid ja see järjestus on kodeeritud DNA nukleotiidse järjestusena. Viimaste aastate jooksul on kogunenud tohutu huld DNA järjestuse andmeid aga samuti elutähtsate valgumolekulide ning nende komplekside kolmemõõtmelise struktuuri andmeid. Me kasutame biokeemia ja geneetika meetodeid, et mõtestada seda hiiglaslikku andmehulka valkude ja DNA sünteesi ning sünteesi masinavärgi funktisonaalsuse säilitamise seisukohast. Uurime valkude biosünteesi molekulaarseid mehanisme bakteris ja pärmis mõistmaks ribosoomide heterogeensuse aluseid ja ribosoomide parandamist stressi tingimusis. Teiselt poolt uurime mehanisme, mis vastutavad mtDNA koguse ja inegraalsue säilimsie eest ning DNA helikaaside rolli selles. Meie uurimused loovad eelduse uute antimikroobsete ainete loomiseks.
Amino acid sequence of proteins determines their function and is encoded in the DNA nucleotide sequence. Meticulous amount of DNA sequence data have accumulated during recent years. In addition, 3D structure of most of the essential macromolecules and of many macromolecular complexes has been determined. We apply biochemical and genetic approach to rationalize these important data in particular emphasis on the maintenance of the functionality of DNA and protein synthesis system. We study molecular mechanisms of protein biosynthesis in bacteria and in yeast in order to understand functional heterogeneity of ribosomes and ribosome repair under stress conditions. On the other hand we analyze the mechanisms responsible for integrity of mitochondrial DNA and the functions of DNA helicases involved in mtDNA maintenance. Our studies help to design new antimicrobial agents.
Uurimisprojekt kujunes väga edukaks ja kulges vastavuses esitatud uurimisplaanile. Veelgi enam, mitmes punktis andsid töö käigus saadud tulemused ideid uute ülesannete püstitamiseks ja vanade otstarbekamaks muutmiseks. Meie projekt eesmärgiks oli päriliku teabe realiseerimise masinavärgi molekulaarsete mehhanismide uurimine nii bakterites kui eukarüootses (päristuumses) organismis, pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae. Valgusünteesi aparaat on neis kahes riigis erinev mitmes olulises punktis nii struktuurselt kui mehhanitsistlikult. Valgusünteesi keskne nanomasin, ribosoom on päristuumsetel oluliselt suurem, keerukam ning sisaldab selliseid struktuurielemente, mida bakterite ribosoomides pole. Meie projekti käigus saadud andmed võimaldavad selgitada, milliseid ülesandeid täidavad päristuumsetele ainuomased ribosoomi subühikuid ühendavad valgulised silla. Osaliselt on need sillad seotud päristuumsetele omaste valgusünteesi regulatsiooni viisidega. Meie tulemused lubavad oletada, et just ribosoomi subühikute omavahelise seondumise stabiliseerimine on andnud päristuumsetele organismidele valgusünteesi efektiivsema toimumise kaudu evolutsioonilisi eeliseid. Bakterite valgusünteesi masinavärgi uurimisel alal leidsime vastuse küsimusele, mida on küsitud juba üle poole sajandi, kas kõik ribosoomid on ühetaolised? Tegime kindlaks, et mudelbakteri Escherichia coli ribosoomid on alati heterogeensed. Kaks struktuurset valku (bL31 ja bL36) on kodeeritud kahe oluliselt erineva geeni poolt. Nende geenide produktid avalduvad erinevais kasvutingimusis küll erineval määral, kuid rakkudes on ikkagi esindatud kahte eri tüüpi ribosoomid. Neist bL36B olemasolu ja struktuur ribosoomides on esmakordne kirjeldus. Lisaks uurisime mitokondriaalse DNA topoloogiat ja seda mõjutavaid tegureid pagaripärmides. Oluline aspekt on RNA sünteesi ehk transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni omavaheliste seoste esmauurimus.