Sünteetilise bioloogia üks keskne idee on rakuvabrikute kontseptsioon: geneetiliselt programmeeritud mikroobid, mis toodavad kemikaale ja ravimeid jätkusuutlikul keskkonda säästval moel. Peamine takistus rakuvabrikute disainis on sünteetiliste regulatsiooni-moodulite süsteemi puudumine. Ebaefektiivse regulatsiooni tõttu tekivad tootmistüvedes toksilised vaheühendid. Oleme välja arendanud unikaalse valkude multi-fosforüülimisel põhineva süsteemi (multisite phosphorylation toolbox - MPToolbox), lisades geenidele programmeeritavad segmendid, mis kontrollivad valkude degradatsiooni ja ekspressiooni. Projektis plaanime juurutada MPToolboxi pärmi rakuvabrikute kontekstis ja arendame automatiseeritud DNA assambleerimise platvormi, et optimeerida biosünteesi ensüümide regulatsiooni ja tõsta tüvede tootlikkust. MPToolbox kui esimene fosforüülimisel põhinev süsteem, omab tõhusamat ja kiiremat signaaliprotsessimise võimekust ja seetõttu aitab kaasa paljudele sünteetilise bioloogia rakendustele.
One of the most promising development in synthetic biology is the concept of cell factories. By redesigning genomes and cellular metabolism, one can create microbial cells that produce a wide range of chemicals and pharmaceuticals. However, since it is hard to predictably design the living systems, there is a pressing need for programmable synthetic parts and regulatory circuits for cell factory construction. Our discovery of a unique multisite phosphorylation mechanism for cellular signal processing has led us to develop a multisite phosphorylation toolbox for synthetic circuit design (MPToolbox). In this project, we will use the MPToolbox to achieve coordinated balance of biosynthetic pathway enzymes in yeast cell factories with the aim to increase the performance of the strains and mitigate toxic intermediates. A toolbox of synthetic parts based on multisite phosphorylation would revolutionize the field because of the fast response time-scales and wide combinatorial possibilities.